현재 사용되는 대부분의 사마귀 치료법은 완치율이 약 50~60% 정도이며 재발률은 평균 20~50%이다. 사마귀의 치료법은 여러 가지가 있는데, 사마귀의 위치, 크기, 숫자, 환자의 나이, 면역 상태에 따라 선택할 수 있다. 각질 용해제나 살리실산과 5-플루오로우라실(5-FU)의 혼합물을 바르는 방법이 보통 가장 먼저 시도되는 방법이다. 냉동치료는 가장 흔하게 사용되며 냉동스프레이나 면봉을 이용하여 사마귀와 주위 정상조직 일부가 하얗게 될 때까지 액체 질소를 분사한 후 해동될 때까지 천천히 방치하는 과정을 수 차례 반복한다. 전기 소작법과 레이저도 흔히 사용되는 간편한 방법이나 흉터를 남길 수 있고 재발률이 높은 것이 단점이다. 포도필린을 바르는 것이 뾰족콘딜로마에는 효과가 있지만 크기가 크거나 점막이 맞닿는 입, 질 및 항문 안의 병변과 임산부, 유아에서는 사용이 금기이다. 포도필린의 치료에 저항하는 경우에 이미퀴모드(imiquimod) 연고를 바를 수 있다. 병변이 아주 크거나 여러 부위에 다발성으로 나타나거나 다른 치료에 반응을 잘 하지 않는 경우에는 디페닐사이클로프로페논(diphenylcyclopropenone, DPCP)를 사용한 면역요법을 사용해
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